بعد از غلبه اسکندر مقدونی به ايران٬ سرداری به نام آتورپات در آذربايجان ظهور کرد و از اشغال آن توسط يونانی ها ممانعت بعمل آورد.از آن به بعد اين سرزمين به نام آتورپاتکان معروف شد.آتورپات به پادشاهی رسيد و آن ناحيه را مستقل اعلام نمود.

در طول دوره سلوکی ها ٬ ناحيه آتورپاتکان همچنان مستقل ماند و يونانيان و جانشينان اسکندر نتوانستند آداب و رسوم و تمدن يونانی را در آن ناحيه اشاعه دهند.آذربايجان در اين زمان پناهگاه زردشتيان و تکيه گاه ايرانيت در مقابل يونانيت شد.

حکومت جانشينان آتورپات در آذربايجان در زمان اشکانيان نيز ادامه يافت و اين منطقه توانست کماکان استقلال خود را حفظ کند.سرانجام اردشير بابکان موسس سلسله ساسانی بر حکمرانان آذربايجان استيلا يافت.از اين تاريخ اين منطقه استقلال خود را از دست داد.

در دوره ساسانی معمولا يکی از مرزبانان را به حکومت اذربايجان می گماردند.در اواخر آن دوره حکومت آذربايجان در دست خاندان ( فرخ هرمزد) بود.و پايتخت آن (شيز) يا( گنزب ) نام داشت که مطابق با ويرانه های ليلان در جنوب شرقی درياچه اروميه گزارش شده است.